Военная орденов Ленина, Октябрьской Революции и Суворова академия имени Ф.Э. Дзержинского сформирована в ноябре 1820 г. как артиллерийские классы артиллерийского училища; Являлась одним из ведущих заведений высшего военного и высшего технического отечественного образования.
Ведет свою историю от офицерских классов Артиллерийского училища, официально открытого 25 ноября (по старому стилю) - 7 декабря (н.с.) 1820 года в Санкт-Петербурге. В 1845 году училищу присвоено наименование Михайловского. С 1855 года - Михайловская артиллерийская академия; с 1919 года - Артиллерийская академия РККА; с 1925 года - Военно-техническая академия РККА; с 1926 года - Военно-техническая академия имени Ф.Э. Дзержинского; с 1932 года - Военная артиллерийская академия РККА; с 1934 года - Артиллерийская академия РККА имени Ф.Э. Дзержинского. В 1938 году переведена в Москву, в 1941-1944 годах дислоцировалась в городе Самарканд.
В 1945 году в академии создан факультет реактивного вооружения и начата подготовка инженеров-ракетчиков.
С 1953 года - Артиллерийская инженерная академия имени Ф.Э. Дзержинского.
24 марта 1960 года введена в состав РВСН.
С 1963 года - Военная инженерная академия имени Ф.Э. Дзержинского.
С 1972 года - Военная академия им. Дзержинского.
25 августа 1997 года Военная академия имени Ф.Э. Дзержинского переименована в Военную академию РВСН им. Петра Великого.
В 1998 году постановлением Правительства РФ №1009 на базе Московского высшего училища радиоэлектроники противовоздушной обороны (город Кубинка) образован филиал Военной академии РВСН.
В 2008 году на правах обособленных формирований (фактически - филиалы) в рамках реформы военного образования по распоряжению Правительства РФ в состав академии вошли Серпуховский военный институт ракетных войск и Ростовский военный институт ракетных войск имени Главного маршала артиллерии М.И. Неделина.
В 2015 году академия передислоцирована в город Балашиху, Московской области с целью развития существующей и перспективной инфраструктуры.
Академия трижды удостоена высоких государственных наград:
В 1938 году за «большие заслуги в деле подготовки командиров и инженеров-артиллеристов» награждена орденом Ленина,
В 1945 году за «выдающиеся успехи в деле подготовки высококвалифицированных артиллерийских кадров для Красной Армии, боевые заслуги перед Родиной и в связи со 125 годовщиной со дня образования» - орденом Суворова I-й степени,
В 1970 году за «большие заслуги в деле подготовки высококвалифицированных командных, инженерных и научно-педагогических кадров, в развитии науки и техники» - орденом Октябрьской Революции.